Chromatin

代码参考cuttag文章分析流程推荐的代码，基于自己的数据和理解，对部分分析内容做了改动。 需要用到的软件如下： fastp: 去接头，生成质控报告 bowtie2: 比对测序数据到基因组 samtools/sambamba: 处理比对后的bam/sam文件，例如排序（sort）和去重（markdup）等 bedtools: 用大肠杆菌的基因组进行校准(Spike-in calibration) MACS2: 进行peak calling，原流程还推荐了SEACR homer: 对peak进行注释距离最近的基因、外显子、内含子、转录起始位点、基因间区等。 需要用到的数据如下： 参考基因组：可以从NCBI, ENSEMBL 和 UCSC 三个数据库下载到。 大肠杆菌基因组：官网推荐要用大肠杆菌的基因组进行校准, 可从NCBI进行下载 blacklist_region: 基因组黑名单区域，这些区域在多种NGS测序数据中产生异常信号值，影响数据结果。因此进行peak calling之后需要将这些区域去除。 chromsize file: 记录基因组染色体大小的文件 ...